El logotipo 

Está formado por 3 elementos gráficos: 

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•  El mapa del Estado en color verde significa el resurgir de Chiapas, con toda su riqueza natural y cultural-étnica, como un signo de esperanza para México y el Continente.

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•  La estrella, además de su simbología universal, expresa el punto álgido desde donde se proyecta el CIESEN, que es el Cerro Mactumaztá, o “Cerro de la Estrella”, según su significado etimológico en el idioma zoque; el color amarillo de la estrella significa la luz que el CIESEN debe reflejar, que es la luz del Evangelio, según lo indica su nombre: Evangelii Nuntiandi, cuya traducción del latín es “Para anunciar el Evangelio”.  Con el color amarillo de la estrella, color distintivo del Vaticano, también se quiere expresar la naturaleza eclesiástica del CIESEN.

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•  El mapa del Continente Americano en color rojo significa la fe de nuestros pueblos testimoniada por la sangre derramada de nuestros mártires, signo de que en el CIESEN se busca formar laicos comprometidos con su Iglesia y su sociedad.